Los Reyes Católicos fueron precursores en el establecimiento de los Derechos Humanos en las tierras descubiertas del Imperio español, a diferencia de otros imperios de la época moderna como el portugués o el otomano, o más tarde el inglés, el holandés o el francés, donde existió el esclavismo o la aniquilación sistemática de indígenas.
El sistema de población que Isabel y Fernando proyectaron en el Nuevo Mundo estuvo basado en el tradicional sistema de repoblación de la Reconquista, que se materializó en el régimen de encomiendas, con trabajadores nativos libres de servidumbre que percibían un salario justo por el trabajo desempeñado en las mismas.
Tanto la Monarquía hispánica como la Iglesia católica hicieron grandes esfuerzos para proteger a los indios y erradicar los abusos de los colonizadores que se concretaron en la redacción de las Leyes de Burgos de 1513. Un hecho sin precedentes en cualquier Imperio de Occidente hasta aquel momento.
Durante los primeros dos o tres años del descubrimiento, los colonizadores sufrieron una extraña mezcla de locura del oro y fiebre tropical que produjo latrocinios, asesinatos, abusos de nativos y hasta muertes masivas de colonos por enfermedad. El origen del desastroso sistema que Colón estableció fue consecuencia de la falta de previsión ante un descubrimiento inesperado. Además, Colón hizo todo lo posible para que en la Corte no supieran que había comenzado un incipiente tráfico de indígenas.
Los Reyes Católicos pusieron todo su empeño en controlar las nuevas tierras y en el segundo viaje de Colón enviaron a dos hombres de su confianza, dos catalanes: Pere Margarit, un prestigioso militar caballero de Santiago, que se encargó del dominio político y militar de la zona; y fray Bernardino Boil, un benedictino que se convirtió en el primer vicario apostólico. Ambos informaron a la Corte del inadecuado sistema de dominio y control que Colón y sus parientes habían establecido allí. Años más tarde otros enviados volvieron con las mismas denuncias.
Durante los primeros años el marino genovés desarrolló en la isla La Española el mismo sistema que los portugueses estaban efectuando en África y que, además, coincidía con el modelo de explotación mercantilista al estilo italiano: factorías comerciales, colonización en régimen asalariado donde el trabajador no pueda establecerse con sus familias y poseyera tierras propias, derechos económicos compartidos exclusivamente por el descubridor y la Corona, esclavización y venta de la población nativa, etc.
En aquellos tiempos el comercio con personas era una práctica muy extendida y el proceder de la reina fue realmente atípico para su época, por lo tanto, son muchos quienes afirmaron que Isabel I fue una precursora de los Derechos de la Humanidad. Tales actos, tan fuera de lo común en su época, fueron uno de los tantos fundamentos que se presentaron ante la Santa Sede para canonizar a la reina. Pero el proceso quedó inconcluso debido a la presión que un cardenal alemán ejerció para evitarlo.
En este sentido establecieron que seguirían siendo propiedad de los indios aquellas tierras que les pertenecían con anterioridad, mientras que el resto de territorios libres pasarían a titularidad de la Corona, para posteriormente ser repartidos entre los colonos.
La Monarquía española implantó en América un nuevo modelo de colonización que ninguna de las potencias de la época estaba aplicando. Consistía en la asignación de un grupo de indígenas a cada colono para su evangelización y explotación económica mediante una remuneración monetaria tasada por el gobernador. Dicho salario entraba en el derecho que pretendía diferenciar la libertad jurídica reconocida al indio encomendado frente a la servidumbre del esclavo.
Este novedoso sistema de encomiendas fue aprobado por Real Provisión de 20 de diciembre de 1503, firmado por la reina Isabel I en Medina del Campo y dirigida al gobernador Nicolás de Ovando y Cáceres. Antes de que la reina firmara este importante documento, pasaron diez años de ensayo y hubo consultas a expertos teólogos, a letrados y a juristas.
Tiene similitudes con el sistema que Roma desplegó en la fase alta del Imperio, pero con la importante excepción de que se prohibió la esclavización de las poblaciones autóctonas, acorde al sentido evangelizador que tuvo la conquista desde el primer momento.
Los Reyes Católicos habían establecido que la condición jurídica de los indios era la de personas libres y no sujetas a servidumbre, tal como los habitantes de Castilla. Esta característica a favor de la dignidad y libertad de las poblaciones indígenas es exclusiva del Imperio español. No se realizó por otra potencia de la época como los Imperios portugués y otomano, como tampoco en la gran era colonial, ni en la América anglosajona, ni en el África bajo dominio europeo.
"Cuando nos fueron concedidas por la Santa Sede Apostólica las Islas y Tierra Firme del mar Océano, descubiertas y por descubrir, como así se lo suplicamos al Papa Alejandro VI, de dichosa memoria, que nos lo concedió, nuestra principal intención fue procurar inducir y traer a los pueblos de allá y convertirlos a nuestra fe católica, y enviar a las dichas Islas y Tierra Firme prelados, y religiosos, y clérigos y otras personas doctas y temerosas de Dios, instruir a los vecinos y moradores de ellas en la fe católica, y enseñarles y adoctrinarles en las buenas costumbres, y poner en ello la diligencia debida, según en las letras de la dicha concesión se contiene, por tanto suplico al rey mi señor, muy afectuosamente, y encargo y mando a la princesa Juana, mi hija, y al príncipe Felipe, su marido, que así lo hagan y cumplan, y que este sea su principal fin, y que en ello pongan mucha diligencia, y que no consientan ni den lugar a que los indios, vecinos y moradores de las dichas Indias y Tierra Firme, ganadas y por ganar, reciban agravio alguno ni en su persona ni en sus bienes, sino que manden que sean bien y justamente tratados, y si algún agravio han recibido, lo remedien y provean por manera que no se exceda en cosa alguna lo que por las letras apostólicas de la dicha concesión nos es mandado."
"Todos estáis en pecado mortal y en él vivís y morís, por la crueldad y tiranía que usáis con estas inocentes gentes. Decid, ¿con qué derecho y con qué justicia tenéis en tan cruel y horrible servidumbre aquestos indios? ¿Con qué autoridad habéis hecho tan detestable guerras a estas gentes que estaban en sus tierras mansas y pacíficas; donde tan infinitas dellas, con muertes y estragos nunca oídos, habéis consumido? ¿Cómo los tenéis tan opresos y fatigados, sin dalles de comer ni curallos en sus enfermedades, que de los excesivos trabajos que les dais incurren y se os mueren, y por mejor decir, los matáis, por sacar y adquirir oro cada día? ¿Y qué cuidado tenéis de quien los doctrine, y conozcan a su Dios y criador, sean bautizados, oigan misa, guarden las fiestas y domingos? ¿Éstos, no son hombres? ¿No tienen ánimas racionales? ¿No sois obligados a amallos como a vosotros mismos? ¡Tened por cierto, que en el estado que estáis, no os podéis más salvar que los moros o turcos que carecen y no quieren la fe de Jesucristo!"
"Finalmente de la manera explicó la voz que antes había muy encarecido, que los dejó atónitos, a muchos como fuera de sentido, a otros más empedernidos y algunos algo compugidos, pero a ninguno, a lo que yo después entendí, convertido."